Xét theo Tam quyền phân lập thì Hiệp Thiên Đài là cơ quan Tư pháp của Đạo. Cách tuyển chọn nhân sự của Hiệp Thiên Đài độc lập hoàn toàn với nhân sự Cửu Trùng Đài (hành pháp).
Đó là sự khác biệt về Tam quyền phân lập của Đạo Cao Đài khác hẳn với Tam quyền phân lập của các quốc gia có Tam quyền phân lập. Tam quyền phân lập trong các quốc gia, nhân sự của Tư pháp do nơi Hành pháp bổ nhiệm. Nhân sự là gốc của mọi việc mà nhân sự của Tư pháp do Hành pháp bổ nhiệm thì đã mất tính độc lập của Tư pháp.